* doStats * doEstimatorNormal: replaced use of Variance by CoMatrix
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fc1adfcc78
4 changed files with 102 additions and 121 deletions
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@ -33,6 +33,7 @@
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#include "doEstimator.h"
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#include "doModifierMass.h"
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#include "doSampler.h"
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#include "doStats.h"
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using namespace boost::numeric::ublas;
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@ -106,6 +107,7 @@ public:
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eoPop< EOT > selected_pop;
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//-------------------------------------------------------------
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// Temporary solution used by plot to enumerate iterations in
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// several files.
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@ -158,19 +160,16 @@ public:
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D distrib = _estimator(pop);
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double size = distrib.size();
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assert(size > 0);
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double vacc = 1;
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doHyperVolume hv;
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for (int i = 0; i < size; ++i)
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{
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vacc *= sqrt(distrib.variance()[i]);
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hv.update( distrib.variance()[i] );
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}
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assert(vacc <= std::numeric_limits<double>::max());
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||||
ofs_params_var << vacc << std::endl;
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||||
ofs_params_var << hv << std::endl;
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}
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do
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@ -297,30 +296,27 @@ public:
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// dicreasement
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//-------------------------------------------------------------
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{
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// double size = distrib.size();
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// {
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||||
// double size = distrib.size();
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// assert(size > 0);
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||||
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||||
// assert(size > 0);
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||||
// vector< double > vmin(size);
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||||
// vector< double > vmax(size);
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||||
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||||
// vector< double > vmin(size);
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||||
// vector< double > vmax(size);
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||||
// std::copy(distrib.param(0).begin(), distrib.param(0).end(), vmin.begin());
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||||
// std::copy(distrib.param(1).begin(), distrib.param(1).end(), vmax.begin());
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||||
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||||
// std::copy(distrib.param(0).begin(), distrib.param(0).end(), vmin.begin());
|
||||
// std::copy(distrib.param(1).begin(), distrib.param(1).end(), vmax.begin());
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||||
// vector< double > vrange = vmax - vmin;
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||||
// vector< double > vrange = vmax - vmin;
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// doHyperVolume hv;
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// double vacc = 1;
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// for (int i = 0, size = vrange.size(); i < size; ++i)
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// {
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||||
// hv.update( vrange(i) );
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// }
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||||
// for (int i = 0, size = vrange.size(); i < size; ++i)
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// {
|
||||
// vacc *= vrange(i);
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// }
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// assert(vacc <= std::numeric_limits<double>::max());
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||||
// ofs_params << vacc << std::endl;
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}
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||||
// ofs_params << hv << std::endl;
|
||||
// }
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//-------------------------------------------------------------
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@ -332,19 +328,16 @@ public:
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{
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double size = distrib.size();
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||||
assert(size > 0);
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||||
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double vacc = 1;
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doHyperVolume hv;
|
||||
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||||
for (int i = 0; i < size; ++i)
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||||
{
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||||
vacc *= sqrt(distrib.variance()[i]);
|
||||
hv.update( distrib.variance()[i] );
|
||||
}
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||||
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||||
assert(vacc <= std::numeric_limits<double>::max());
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||||
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||||
ofs_params_var << vacc << std::endl;
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||||
ofs_params_var << hv << std::endl;
|
||||
}
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//-------------------------------------------------------------
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@ -19,14 +19,16 @@ public:
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unsigned int dimsize = pop[0].size();
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assert(dimsize > 0);
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std::vector< Var > var(dimsize);
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||||
//std::vector< doVar > var(dimsize);
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doCovMatrix cov(dimsize);
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||||
for (unsigned int i = 0; i < popsize; ++i)
|
||||
{
|
||||
for (unsigned int d = 0; d < dimsize; ++d)
|
||||
{
|
||||
var[d].update(pop[i][d]);
|
||||
}
|
||||
cov.update(pop[i]);
|
||||
// for (unsigned int d = 0; d < dimsize; ++d)
|
||||
// {
|
||||
// var[d].update(pop[i][d]);
|
||||
// }
|
||||
}
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||||
EOT mean(dimsize);
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||||
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@ -34,9 +36,12 @@ public:
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||||
for (unsigned int d = 0; d < dimsize; ++d)
|
||||
{
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||||
mean[d] = var[d].get_mean();
|
||||
variance[d] = var[d].get_var();
|
||||
// mean[d] = var[d].get_mean();
|
||||
// variance[d] = var[d].get_var();
|
||||
//variance[d] = var[d].get_std(); // perhaps I should use this !?!
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||||
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||||
mean[d] = cov.get_mean(d);
|
||||
variance[d] = cov.get_var(d);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return doNormal< EOT >(mean, variance);
|
||||
|
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|||
147
src/doStats.h
147
src/doStats.h
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@ -18,109 +18,96 @@
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#ifndef _doStats_h
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#define _doStats_h
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#include <cassert>
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#include <vector>
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#include <eoPrintable.h>
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class Mean {
|
||||
class doStats : public eoPrintable
|
||||
{
|
||||
public:
|
||||
doStats();
|
||||
|
||||
double n;
|
||||
double mean;
|
||||
virtual void printOn(std::ostream&) const;
|
||||
|
||||
public:
|
||||
Mean() : n(0), mean(0) {}
|
||||
|
||||
void update(double v) {
|
||||
n++;
|
||||
double d = v - mean;
|
||||
mean += 1/n * d;
|
||||
}
|
||||
|
||||
double get_mean() const { return mean; }
|
||||
protected:
|
||||
double _n;
|
||||
};
|
||||
|
||||
class Var {
|
||||
double n;
|
||||
double mean;
|
||||
double sumvar;
|
||||
class doMean : public doStats
|
||||
{
|
||||
public:
|
||||
doMean();
|
||||
|
||||
public:
|
||||
Var() : n(0), mean(0), sumvar(0) {}
|
||||
virtual void update(double);
|
||||
virtual void printOn(std::ostream&) const;
|
||||
|
||||
void update(double v) {
|
||||
n++;
|
||||
double d = v - mean;
|
||||
mean += 1/n * d;
|
||||
sumvar += (n-1)/n * d * d;
|
||||
}
|
||||
double get_mean() const;
|
||||
|
||||
double get_mean() const { return mean; }
|
||||
double get_var() const { return sumvar / (n-1); }
|
||||
double get_std() const { return sqrt(get_var()); }
|
||||
protected:
|
||||
double _mean;
|
||||
};
|
||||
|
||||
class doVar : public doMean
|
||||
{
|
||||
public:
|
||||
doVar();
|
||||
|
||||
virtual void update(double);
|
||||
virtual void printOn(std::ostream&) const;
|
||||
|
||||
double get_var() const;
|
||||
double get_std() const;
|
||||
|
||||
protected:
|
||||
double _sumvar;
|
||||
};
|
||||
|
||||
/** Single covariance between two variates */
|
||||
class Cov {
|
||||
double n;
|
||||
double meana;
|
||||
double meanb;
|
||||
double sumcov;
|
||||
class doCov : public doStats
|
||||
{
|
||||
public:
|
||||
doCov();
|
||||
|
||||
public:
|
||||
Cov() : n(0), meana(0), meanb(0), sumcov(0) {}
|
||||
virtual void update(double, double);
|
||||
virtual void printOn(std::ostream&) const;
|
||||
|
||||
void update(double a, double b) {
|
||||
++n;
|
||||
double da = a - meana;
|
||||
double db = b - meanb;
|
||||
double get_meana() const;
|
||||
double get_meanb() const;
|
||||
double get_cov() const;
|
||||
|
||||
meana += 1/n * da;
|
||||
meanb += 1/n * db;
|
||||
|
||||
sumcov += (n-1)/n * da * db;
|
||||
}
|
||||
|
||||
double get_meana() const { return meana; }
|
||||
double get_meanb() const { return meanb; }
|
||||
double get_cov() const { return sumcov / (n-1); }
|
||||
protected:
|
||||
double _meana;
|
||||
double _meanb;
|
||||
double _sumcov;
|
||||
};
|
||||
|
||||
class CovMatrix {
|
||||
double n;
|
||||
std::vector<double> mean;
|
||||
std::vector< std::vector<double> > sumcov;
|
||||
class doCovMatrix : public doStats
|
||||
{
|
||||
public:
|
||||
doCovMatrix(unsigned dim);
|
||||
|
||||
public:
|
||||
CovMatrix(unsigned dim) : n(0), mean(dim), sumcov(dim , std::vector<double>(dim)) {}
|
||||
virtual void update(const std::vector<double>&);
|
||||
|
||||
void update(const std::vector<double>& v) {
|
||||
assert(v.size() == mean.size());
|
||||
double get_mean(int) const;
|
||||
double get_var(int) const;
|
||||
double get_std(int) const;
|
||||
double get_cov(int, int) const;
|
||||
|
||||
n++;
|
||||
protected:
|
||||
std::vector< double > _mean;
|
||||
std::vector< std::vector< double > > _sumcov;
|
||||
};
|
||||
|
||||
for (unsigned i = 0; i < v.size(); ++i) {
|
||||
double d = v[i] - mean[i];
|
||||
mean[i] += 1/n * d;
|
||||
class doHyperVolume : public doStats
|
||||
{
|
||||
public:
|
||||
doHyperVolume();
|
||||
|
||||
sumcov[i][i] += (n-1)/n * d * d;
|
||||
virtual void update(double);
|
||||
virtual void printOn(std::ostream&) const;
|
||||
|
||||
for (unsigned j = i; j < v.size(); ++j) {
|
||||
double e = v[j] - mean[j]; // mean[j] is not updated yet
|
||||
|
||||
double upd = (n-1)/n * d * e;
|
||||
|
||||
sumcov[i][j] += upd;
|
||||
sumcov[j][i] += upd;
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
double get_mean(int i) const { return mean[i]; }
|
||||
double get_var(int i ) const { return sumcov[i][i] / (n-1); }
|
||||
double get_std(int i) const { return sqrt(get_var(i)); }
|
||||
double get_cov(int i, int j) const { return sumcov[i][j] / (n-1); }
|
||||
double get_hypervolume() const;
|
||||
|
||||
protected:
|
||||
double _hv;
|
||||
};
|
||||
|
||||
#endif // !_doStats_h
|
||||
|
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@ -1,4 +0,0 @@
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namespace DO
|
||||
{
|
||||
void test(){}
|
||||
}
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