From f8bae6109524d2466783cbb850a6d69d641a4db9 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: nojhan <nojhan@gmail.com>
Date: Mon, 9 Jul 2012 22:58:55 +0200
Subject: [PATCH] use row major everywhere with Eigen

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 edo/src/edoEstimatorNormalMulti.h      | 6 ++++--
 edo/src/edoNormalMulti.h               | 4 ++--
 edo/src/edoNormalMultiCenter.h         | 4 +++-
 edo/src/edoSamplerNormalMulti.h        | 6 ++++--
 edo/test/t-edoEstimatorNormalMulti.cpp | 6 ++++--
 edo/test/t-mean-distance.cpp           | 6 ++++--
 6 files changed, 21 insertions(+), 11 deletions(-)

diff --git a/edo/src/edoEstimatorNormalMulti.h b/edo/src/edoEstimatorNormalMulti.h
index 76d535da4..f5666b8f5 100644
--- a/edo/src/edoEstimatorNormalMulti.h
+++ b/edo/src/edoEstimatorNormalMulti.h
@@ -163,8 +163,10 @@ public:
     {
     public:
         typedef typename EOT::AtomType AtomType;
-        typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, 1> Vector;
-        typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> Matrix;
+        // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Vector Vector;
+        // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Matrix Matrix;
+        typedef Eigen::Matrix< AtomType, 1, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Vector;
+        typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Matrix;
 
         CovMatrix( const eoPop< EOT >& pop )
         {
diff --git a/edo/src/edoNormalMulti.h b/edo/src/edoNormalMulti.h
index d5f76871f..1f34bc838 100644
--- a/edo/src/edoNormalMulti.h
+++ b/edo/src/edoNormalMulti.h
@@ -83,8 +83,8 @@ class edoNormalMulti : public edoDistrib< EOT >
 {
 public:
     typedef typename EOT::AtomType AtomType;
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, 1> Vector; // Note: by default, Eigen is column-major
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> Matrix;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, 1, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Vector;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Matrix;
 
     edoNormalMulti(
         const Vector & mean,
diff --git a/edo/src/edoNormalMultiCenter.h b/edo/src/edoNormalMultiCenter.h
index 8dac84613..07d5e3d37 100644
--- a/edo/src/edoNormalMultiCenter.h
+++ b/edo/src/edoNormalMultiCenter.h
@@ -57,11 +57,13 @@ class edoNormalMultiCenter : public edoModifierMass< edoNormalMulti< EOT > >
 {
 public:
     typedef typename EOT::AtomType AtomType;
+    // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Vector Vector;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, 1, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Vector;
 
     void operator() ( edoNormalMulti< EOT >& distrib, EOT& mass )
     {
         assert( distrib.size() == mass.innerSize() );
-        Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, 1 > mean( mass );
+        Vector mean( mass );
         distrib.mean() = mean;
     }
 };
diff --git a/edo/src/edoSamplerNormalMulti.h b/edo/src/edoSamplerNormalMulti.h
index b0a43d1a6..702d05aff 100644
--- a/edo/src/edoSamplerNormalMulti.h
+++ b/edo/src/edoSamplerNormalMulti.h
@@ -96,8 +96,10 @@ class edoSamplerNormalMulti : public edoSampler< EOD >
 {
 public:
     typedef typename EOT::AtomType AtomType;
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, 1> Vector;
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> Matrix;
+    // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Vector Vector;
+    // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Matrix Matrix;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, 1, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Vector;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Matrix;
 
     edoSamplerNormalMulti( edoRepairer<EOT> & repairer ) 
         : edoSampler< EOD >( repairer)
diff --git a/edo/test/t-edoEstimatorNormalMulti.cpp b/edo/test/t-edoEstimatorNormalMulti.cpp
index c62f6dfab..e1fd88712 100644
--- a/edo/test/t-edoEstimatorNormalMulti.cpp
+++ b/edo/test/t-edoEstimatorNormalMulti.cpp
@@ -48,8 +48,10 @@ typedef EOT::AtomType AtomType;
 #else
 #ifdef WITH_EIGEN
 #include <Eigen/Dense>
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, 1> Vector;
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> Matrix;
+    // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Vector Vector;
+    // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Matrix Matrix;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, 1, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Vector;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Matrix;
 #endif
 #endif
 
diff --git a/edo/test/t-mean-distance.cpp b/edo/test/t-mean-distance.cpp
index d119c1a94..45448e82c 100644
--- a/edo/test/t-mean-distance.cpp
+++ b/edo/test/t-mean-distance.cpp
@@ -53,8 +53,10 @@ typedef EOT::AtomType AtomType;
 #else
 #ifdef WITH_EIGEN
 #include <Eigen/Dense>
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, 1> Vector;
-    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> Matrix;
+    // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Vector Vector;
+    // typedef typename edoNormalMulti<AtomType>::Matrix Matrix;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, 1, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Vector;
+    typedef Eigen::Matrix< AtomType, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic, Eigen::RowMajor> Matrix;
 #endif
 #endif