Perturb and acceptCrit added
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6bb2a4a822
commit
c2771d8a3a
10 changed files with 690 additions and 8 deletions
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@ -25,8 +25,10 @@ using namespace std;
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//-----------------------------------------------------------------------------
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// fitness function
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#include <funcOneMax.h>
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||||
#include <funcNK.h>
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#include <eoInt.h>
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#include <neighborhood/moOrderNeighborhood.h>
|
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#include <neighborhood/moRndWithoutReplNeighborhood.h>
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#include <oneMaxBitNeighbor.h>
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#include <eval/moFullEvalByModif.h>
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@ -39,14 +41,18 @@ using namespace std;
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#include <explorer/moILSexplorer.h>
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#include <perturb/moMonOpPerturb.h>
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#include <perturb/moRestartPerturb.h>
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#include <perturb/moNeighborhoodPerturb.h>
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||||
#include <acceptCrit/moAlwaysAcceptCrit.h>
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||||
#include <acceptCrit/moBetterAcceptCrit.h>
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||||
#include <continuator/moIterContinuator.h>
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// REPRESENTATION
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//-----------------------------------------------------------------------------
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typedef eoBit<unsigned> Indi;
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typedef eoBit<unsigned int> Indi;
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typedef moBitNeighbor<unsigned int> Neighbor ; // incremental evaluation
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typedef moOrderNeighborhood<Neighbor> Neighborhood ;
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||||
typedef moRndWithoutReplNeighborhood<Neighbor> Neighborhood2 ;
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||||
typedef moSimpleHCexplorer<Neighborhood> NHE;
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||||
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||||
void main_function(int argc, char **argv)
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||||
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@ -107,6 +113,7 @@ void main_function(int argc, char **argv)
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||||
FuncOneMax<Indi> eval(vecSize);
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//FuncNK<Indi> eval(vecSize, 2);
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/* =========================================================
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*
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@ -148,6 +155,7 @@ void main_function(int argc, char **argv)
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* ========================================================= */
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||||
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||||
Neighborhood neighborhood(vecSize);
|
||||
Neighborhood2 neighborhood2(vecSize);
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||||
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||||
/* =========================================================
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||||
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@ -171,13 +179,20 @@ void main_function(int argc, char **argv)
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||||
eoBitMutation<Indi> monOp(1.0/vecSize);
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||||
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||||
moMonOpPerturb<Neighbor> perturb(monOp, eval);
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//moMonOpPerturb<Neighbor> perturb(monOp, eval);
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||||
moAlwaysAcceptCrit<Neighbor> accept;
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||||
//moRestartPerturb<Neighbor> perturb(random, eval, 5);
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||||
moNeighborhoodPerturb<Neighbor, Neighborhood2> perturb(neighborhood2, fulleval);
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||||
moSolComparator<Indi> comp;
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||||
//moAlwaysAcceptCrit<Neighbor> accept;
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||||
moBetterAcceptCrit<Neighbor> accept(comp);
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||||
moILSexplorer< NHE > explorerILS(hc, perturb, accept);
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||||
moIterContinuator<Neighborhood> continuatorILS(10);
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||||
moIterContinuator<Neighborhood> continuatorILS(100);
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||||
moLocalSearch< moILSexplorer< moSimpleHCexplorer<Neighborhood> > >localSearch(explorerILS, continuatorILS, eval);
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||||
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328
trunk/paradiseo-mo/tutorial/oneMax/src/funcNK.h
Normal file
328
trunk/paradiseo-mo/tutorial/oneMax/src/funcNK.h
Normal file
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@ -0,0 +1,328 @@
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|||
#ifndef __funcNK
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||||
#define __funcNK
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||||
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#include <eo>
|
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#include <fstream>
|
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#include <vector>
|
||||
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using namespace std;
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||||
template< class EOT >
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||||
class FuncNK : public eoEvalFunc<EOT> {
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public:
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// tables des contributions
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||||
double ** tables;
|
||||
|
||||
// liste des liens epistatiques en fonction du bit i
|
||||
// pour chaque contribution, donne la liste des variables consernés
|
||||
unsigned ** links;
|
||||
|
||||
// liste inverse
|
||||
// pour chaque variable, donne la liste indices des contributions
|
||||
vector<unsigned> * knils;
|
||||
|
||||
unsigned N;
|
||||
unsigned K;
|
||||
|
||||
// constructeur vide
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||||
FuncNK() : N(0), K(0)
|
||||
{
|
||||
tables = NULL;
|
||||
links = NULL;
|
||||
};
|
||||
|
||||
FuncNK(unsigned _n) : N(_n), K(0)
|
||||
{
|
||||
tables = NULL;
|
||||
links = NULL;
|
||||
};
|
||||
|
||||
// construction de tables aléatoirement
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||||
FuncNK(int n, int k, bool consecutive = false) : N(n), K(k)
|
||||
{
|
||||
if (consecutive)
|
||||
consecutiveTables();
|
||||
else
|
||||
randomTables();
|
||||
};
|
||||
|
||||
// construction à partir d'un fichier des tables et des liens
|
||||
FuncNK(const char * fichier = "")
|
||||
{
|
||||
load(fichier);
|
||||
};
|
||||
|
||||
~FuncNK()
|
||||
{
|
||||
deleteTables();
|
||||
};
|
||||
|
||||
void buildTables()
|
||||
{
|
||||
links = new unsigned*[N];
|
||||
knils = new vector<unsigned>[N];
|
||||
tables = new double*[N];
|
||||
for(unsigned i = 0; i < N; i++) {
|
||||
tables[i] = new double[1<<(K+1)];
|
||||
links[i] = new unsigned[K+1];
|
||||
knils[i].clear();
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
void deleteTables()
|
||||
{
|
||||
if (links != NULL) {
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++) {
|
||||
delete [] (links[i]);
|
||||
}
|
||||
delete [] links;
|
||||
links = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (knils != NULL) {
|
||||
/*
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++) {
|
||||
knils[i].clear();
|
||||
}
|
||||
*/
|
||||
delete [] knils;
|
||||
knils = NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (tables != NULL) {
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++) {
|
||||
delete [] (tables[i]);
|
||||
}
|
||||
delete [] tables;
|
||||
tables = NULL;
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
virtual void load(const char * nomTables)
|
||||
{
|
||||
fstream file;
|
||||
file.open(nomTables, ios::in);
|
||||
|
||||
if (file.is_open()) {
|
||||
//cout <<"loadTables: chargement des tables " <<nomTables <<endl;
|
||||
string s;
|
||||
|
||||
// lecture des commentaires
|
||||
string line;
|
||||
file >> s;
|
||||
while (s[0] == 'c') {
|
||||
getline(file,line,'\n');
|
||||
file >> s;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// lecture des parametres
|
||||
if (s[0] != 'p') {
|
||||
cerr <<"loadTables: erreur de lecture de paramètre pour " << nomTables <<endl;
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
file >> s;
|
||||
if (s != "NK") {
|
||||
cerr <<"erreur " <<nomTables << " n'est pas un fichier NK" <<endl;
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// lecture des paramètres N et K
|
||||
file >> N >> K;
|
||||
buildTables();
|
||||
|
||||
// lecture des liens
|
||||
if (s[0] != 'p') {
|
||||
cerr <<"loadTables: erreur de lecture de paramètre 'links' pour " << nomTables <<endl;
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
file >> s;
|
||||
if (s == "links") {
|
||||
loadLinks(file);
|
||||
} else {
|
||||
cerr <<"loadTables: erreur de lecture de paramètre 'links' pour " << nomTables <<endl;
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// lecture des tables
|
||||
if (s[0] != 'p') {
|
||||
cerr <<"loadTables: erreur de lecture de paramètre 'tables' pour " << nomTables <<endl;
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
file >> s;
|
||||
|
||||
if (s == "tables") {
|
||||
loadTables(file);
|
||||
} else {
|
||||
cerr << "loadTables: erreur de lecture de paramètre 'tables' pour " << nomTables <<endl;
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
file.close();
|
||||
} else {
|
||||
cerr << "loadTables: impossible d'ouvrir " << nomTables << endl;
|
||||
}
|
||||
|
||||
};
|
||||
|
||||
void loadLinks(fstream & file) {
|
||||
for(int j = 0; j < K+1; j++)
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++) {
|
||||
file >> links[i][j];
|
||||
knils[links[i][j]].push_back(i);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
void loadTables(fstream & file) {
|
||||
for(int j = 0; j < (1<<(K+1)); j++)
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++)
|
||||
file >> tables[i][j];
|
||||
}
|
||||
|
||||
virtual void save(const char * nomTables)
|
||||
{
|
||||
// cout <<"saveTables: sauvegarde de la table " <<nomTables <<endl;
|
||||
fstream file;
|
||||
file.open(nomTables, ios::out);
|
||||
|
||||
if (file.is_open()) {
|
||||
file << "c name of file : " << nomTables << endl;
|
||||
file << "p NK " << N << " " << K <<endl;
|
||||
|
||||
file << "p links" << endl;
|
||||
for(int j=0; j<K+1; j++)
|
||||
for(int i=0; i<N; i++)
|
||||
file << links[i][j] << endl;
|
||||
|
||||
file << "p tables" << endl;
|
||||
for(int j=0; j<(1<<(K+1)); j++) {
|
||||
for(int i=0; i<N; i++)
|
||||
file << tables[i][j] << " ";
|
||||
file << endl;
|
||||
}
|
||||
file.close();
|
||||
} else {
|
||||
cerr <<"saveTables: impossible d'ouvrir " <<nomTables <<endl;
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
void affiche()
|
||||
{
|
||||
int j;
|
||||
for(int i=0; i<N; i++) {
|
||||
cout <<"link " <<i <<" : ";
|
||||
for(j = 0; j <= K; j++)
|
||||
cout <<links[i][j] <<" ";
|
||||
cout <<endl;
|
||||
}
|
||||
cout <<endl;
|
||||
|
||||
for(int i=0; i<N; i++) {
|
||||
cout <<"knils " <<i <<" : ";
|
||||
for(j=0; j<knils[i].size(); j++)
|
||||
cout <<knils[i][j] <<" ";
|
||||
cout <<endl;
|
||||
}
|
||||
cout <<endl;
|
||||
|
||||
for(int i=0; i<N; i++) {
|
||||
cout <<"table " <<i <<endl;
|
||||
for(j=0; j<(1<<(K+1)); j++)
|
||||
cout << tables[i][j] <<endl;
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
// calcul de la fitness
|
||||
virtual void operator() (EOT & genome)
|
||||
{
|
||||
double accu = 0.0;
|
||||
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++)
|
||||
accu += tables[i][sigma(genome,i)];
|
||||
// double M = 0.05;
|
||||
// genome.fitness( M * ((unsigned) (accu / (N*M))) ); // affecte la fitness du genome
|
||||
genome.fitness( accu / (double) N ); // affecte la fitness du genome
|
||||
};
|
||||
|
||||
protected:
|
||||
|
||||
void initTirage(int tabTirage[]) {
|
||||
for(int i = 0; i<N; i++)
|
||||
tabTirage[i] = i;
|
||||
};
|
||||
|
||||
void perm(int tabTirage[],int i, int j) {
|
||||
int k = tabTirage[i];
|
||||
tabTirage[i] = tabTirage[j];
|
||||
tabTirage[j] = k;
|
||||
};
|
||||
|
||||
void tire(int i,int tabTirage[]) {
|
||||
int t[K+1];
|
||||
for(int j=0; j<K+1; j++) {
|
||||
if (j==0) t[j]=i;
|
||||
else t[j] = rng.random(N-j);
|
||||
links[i][j] = tabTirage[t[j]];
|
||||
knils[tabTirage[t[j]]].push_back(i);
|
||||
perm(tabTirage, t[j], N-1-j);
|
||||
}
|
||||
for(int j=K; j>=0; j--)
|
||||
perm(tabTirage, t[j], N-1-j);
|
||||
};
|
||||
|
||||
void consecutiveLinks(int i) {
|
||||
for(int j=0; j<K+1; j++) {
|
||||
links[i][j] = (i + j) % N;
|
||||
knils[(i + j) % N].push_back(i);
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
// tables et liens aléatoires
|
||||
virtual void randomTables() {
|
||||
buildTables();
|
||||
|
||||
int tabTirage[N];
|
||||
initTirage(tabTirage);
|
||||
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++) {
|
||||
// construit les loci epistatiquement liés au locus i
|
||||
tire(i, tabTirage);
|
||||
|
||||
// la table Fi
|
||||
for(int j = 0; j < (1<<(K+1)); j++)
|
||||
tables[i][j] = rng.uniform();
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
// tables et liens aléatoires
|
||||
virtual void consecutiveTables() {
|
||||
buildTables();
|
||||
|
||||
for(int i = 0; i < N; i++) {
|
||||
// construit les loci epistatiquement liés au locus i
|
||||
consecutiveLinks(i);
|
||||
|
||||
// la table Fi
|
||||
for(int j = 0; j < (1<<(K+1)); j++)
|
||||
tables[i][j] = rng.uniform();
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
// extrait les bits liés au bit n°i
|
||||
unsigned int sigma(EOT & genome, int i)
|
||||
{
|
||||
unsigned int n = 1;
|
||||
unsigned int accu = 0;
|
||||
for(int j=0; j<K+1; j++) {
|
||||
if (genome[links[i][j]] == 1)
|
||||
accu = accu | n;
|
||||
n = n<<1;
|
||||
}
|
||||
return accu;
|
||||
};
|
||||
|
||||
};
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
Loading…
Add table
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