Merge branch 'master' into openmp

edo/CMakeLists.txt

@@ -1,5 +1,14 @@
+############################################################################
+##########
+### 1) If you want to set your own variables in install.cmake and avoid the cmd line
 ######################################################################################
-### 1) Set the application properties
+
+INCLUDE(install.cmake OPTIONAL)
+
+######################################################################################
+
+######################################################################################
+### 2) Project properties
 ######################################################################################
 
 # Checks cmake version compatibility
@@ -16,15 +25,12 @@ SET(PROJECT_VERSION "${PROJECT_VERSION_MAJOR}.${PROJECT_VERSION_MINOR}.${PROJECT
 
 
 ######################################################################################
-### 2) Include useful features
+### 3) Include useful features
 ######################################################################################
 
 INCLUDE(FindDoxygen)
 INCLUDE(FindPkgConfig)
 
-PKG_CHECK_MODULES(EO eo REQUIRED)
-PKG_CHECK_MODULES(MO mo REQUIRED)
-
 FIND_PACKAGE(Boost 1.33.0)
 
 INCLUDE_DIRECTORIES(
@@ -34,11 +40,16 @@ INCLUDE_DIRECTORIES(
   #  /Dev/ometah-0.3/common
   )
 
+LINK_DIRECTORIES(
+  ${EO_LIBRARY_DIRS}
+  ${MO_LIBRARY_DIRS}
+  )
+
 ######################################################################################
 
 
 ######################################################################################
-### 3) Include header files path
+### 4) Include header files path
 ######################################################################################
 
 INCLUDE_DIRECTORIES(
@@ -49,7 +60,7 @@ INCLUDE_DIRECTORIES(
 
 
 ######################################################################################
-### 4) Set compiler definitions
+### 5) Set compiler definitions
 ######################################################################################
 
 IF(UNIX)
@@ -63,7 +74,7 @@ ENDIF()
 
 
 ######################################################################################
-### 5) Prepare some variables for CMAKE usage
+### 6) Prepare some variables for CMAKE usage
 ######################################################################################
 
 SET(SAMPLE_SRCS)
@@ -72,7 +83,7 @@ SET(SAMPLE_SRCS)
 
 
 ######################################################################################
-### 6) Now where we go ?
+### 7) Now where we go ?
 ######################################################################################
 
 ADD_SUBDIRECTORY(src)
@@ -85,7 +96,7 @@ ADD_SUBDIRECTORY(doc)
 
 
 ######################################################################################
-### 7) Create executable, link libraries and prepare target
+### 8) Create executable, link libraries and prepare target
 ######################################################################################
 
 SET(LIBRARY_OUTPUT_PATH ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
@@ -99,7 +110,7 @@ INSTALL(TARGETS edo ARCHIVE DESTINATION lib COMPONENT libraries)
 
 
 ######################################################################################
-### 8) Install pkg-config config file for EO
+### 9) Install pkg-config config file for EO
 ######################################################################################
 
 INSTALL(FILES edo.pc DESTINATION lib/pkgconfig COMPONENT headers)
@@ -108,7 +119,7 @@ INSTALL(FILES edo.pc DESTINATION lib/pkgconfig COMPONENT headers)
 
 
 ######################################################################################
-### 9) Include packaging
+### 10) Include packaging
 ######################################################################################
 
 INCLUDE(Packaging.cmake)

edo/application/common/CMakeLists.txt

@@ -10,6 +10,6 @@ FOREACH(file ${RESOURCES})
   EXECUTE_PROCESS(
     COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy_if_different
     ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/${file}
-    ${DO_BINARY_DIR}/${file}
+    ${EDO_BINARY_DIR}/${file}
     )
 ENDFOREACH(file)

edo/install.cmake-dist

@@ -0,0 +1,20 @@
+# Variables to set
+
+#  directory we need to build project
+SET(EO_DIR "<<PATH_TO_EO>>" CACHE PATH "EO directory" FORCE)
+SET(MO_DIR "<<PATH_TO_MO>>" CACHE PATH "MO directory" FORCE)
+
+# automagically set parameters, do not edit
+
+SET(EO_INCLUDE_DIRS "${EO_DIR}/src" CACHE PATH "EO include directory" FORCE)
+SET(EO_LIBRARY_DIRS "${EO_DIR}/release/lib" CACHE PATH "EO library directory" FORCE)
+SET(EO_LIBRARIES "eoutils eo es ga cma gcov")
+
+SET(MO_INCLUDE_DIRS "${MO_DIR}/src" CACHE PATH "MO include directory" FORCE)
+SET(MO_LIBRARY_DIRS "${MO_DIR}/release/lib" CACHE PATH "MO library directory" FORCE)
+SET(MO_LIBRARIES "mo")
+
+# ... or rather use pkg-config (dont forget to comment the code above)
+
+#PKG_CHECK_MODULES(EO eo REQUIRED)
+#PKG_CHECK_MODULES(MO mo REQUIRED)

edo/src/edoEstimatorNormalMulti.h

@@ -73,7 +73,7 @@ public:
 	    //-------------------------------------------------------------
 
 
-	    _varcovar.resize(s_size, s_size);
+	    _varcovar.resize(s_size);
 
 
 	    //-------------------------------------------------------------

edo/src/edoSamplerNormalMulti.h

@@ -53,7 +53,7 @@ public:
 
 	    assert( Vl == Vc );
 
-	    _L.resize(Vl, Vc);
+	    _L.resize(Vl);
 
 	    unsigned int i,j,k;
 

edo/test/t-mean-distance.cpp

@@ -41,7 +41,7 @@ Authors:
 #include <edo>
 
 #include <boost/numeric/ublas/vector.hpp>
-#include <boost/numeric/ublas/symmetric_matrix.hpp>
+#include <boost/numeric/ublas/symmetric.hpp>
 
 #include "Rosenbrock.h"
 #include "Sphere.h"